El museo fue establecido en 1849 como Boymans Museo con la colección de Frans Jacob Otto Boijmans (1767-1847). El distribuidor pintor y el arte, Arie Johannes Lamme , fue nombrado primer director del museo. Gran parte de la colección original del museo fue destruida en un incendio en 1864.
La colección de hombre de negocios Daniel George van Beuningen se añadió (1877-1955) en 1958, momento en el que el museo adquirió el nombre de Museo Boymans-van Beuningen .
La ortografía se cambió a Museo Boijmans Van Beuningen en 1996.
El museo cuenta con una colección diversa que van desde la Edad Media al arte contemporáneo , con un tanto de un enfoque en el arte holandés .
Gran parte de la colección del museo llegaron a través de las dos colecciones privadas mencionadas anteriormente, pero muchos otros han contribuido a lo largo de los años.
Entre los artistas más conocidos que se exhiben en la exposición permanente del museo son Hieronymus Bosch , Pieter Bruegel el Viejo , Rembrandt , Claude Monet , Wassily Kandinsky , Vincent van Gogh , Maurizio Cattelan , Paul Cézanne , René Magritte , Salvador Dalí , Marcos Rothko , Edvard Munch y Willem de Kooning .
La colección también incluye uno del conjunto más rico de obras sobre papel (grabados, dibujos, litografías, etc.) en el mundo desde la Edad Media hasta los tiempos actuales.